Die Sense ist der natürlichste Fluss der nördlichen Alpen. Diese Hommage des WWF würdigt den Fluss mit seinen intakten Auenlandschaften. Auch der Kanton Freiburg erklärt den Fluss seit 1966 zum Naturschutzgebiet. Die naturbelassenen Uferzonen mit Kies- und Sandbänken sind wertvolle Lebensräume für spezielle Flora und Fauna und daher schutzbedürftig.
Es gibt einerseits die Kalte Sense, die aus dem Gantrischseeli (BE) fliesst, andererseits die Warme Sense, die aus dem Freiburger Schwarzsee fliesst. In Zollhaus finden die beiden Flüsse zusammen und münden in Laupen (BE) nach total etwa 1300 überwundenen Höhenmetern in die Saane. Die Sense bildet über weite Teile die Grenze zwischen dem Kanton Bern und Freiburg.
Von der Guggersbachbrücke bis zur Schwarzwassermündung, folgt einer der schönsten Abschnitte des Flusses. Auf einer Strecke von rund 15 Kilometern fliesst die Sense durch ein canyonartiges Gebiet, wobei die Sandsteinwände bis zu 200 Meter hoch sind.
Der Naturpark Gantrisch und Schwarzsee Tourismus organisieren Freiwilligen-Einsätze, etwa zur Bekämpfung von invasiven Neophyten, den eingeschleppten Pflanzenarten.